ИССЛЕДОВАНИЕ УСТОЙЧИВОСТИ К АНТИМИКРОБНЫМ СРЕДСТВАМ ЗООНОЗНЫХ БАКТЕРИЙ, ВЫДЕЛЕННЫХ ОТ ПРОДУКТИВНЫХ ЖИВОТНЫХ И ИЗ ПИЩЕВОЙ И КОРМОВОЙ ПРОДУКЦИИ
Комаров А.А., Карабанов С.Ю., Макаров Д.А., Иванова О.Е, Богомазова А.Н., Кирсанова Н.А., Рябова Е.С., Тимофеева И.А.
ФГБУ «Всероссийский государственный Центр качества и стандартизации лекарственных средств для животных и кормов», Москва, Россия
Цель:
Исследование фенотипической и генетической устойчивости групп микроорганизмов, рекомендуемых МЭБ для мониторинга антибиотикорезистентности: E. coli, Salmonella spp., Enterococcus spp. Изоляты выделены из биоматериала птицы, КРС, северных оленей, свиней, продуктов питания животного происхождения и кормовых материалов.
Материалы и методы:
Микроразведения в бульоне (стандартный метод EUCAST/CLSI/ISO); ветеринарная линейка планшетов Sensititre, использованы эпидемиологические и клинические точки отсечения (EUCAST и CLSI). Полногеномное секвенирование (Illumina Miseq) с биоинформационным анализом.
Результаты:
Определена фенотипическая устойчивость 230 изолятов к >50 антимикробным средствам из 12 классов, в том числе используемых в ветеринарии. Свойствами полирезистентности (устойчивость к 3 и более препаратам из разных классов) обладал 71% изолятов E. coli, 58% энтерококков, 48% сальмонелл. Среди кишечной палочки, выделенной от птицы, наиболее часто устойчивость наблюдали к сульфаниламидам (86% устойчивых изолятов), тетрациклинам (67%) и хинолонам (65%). Устойчивых к ванкомицину энтерококков обнаружено не было. Было отсеквенировано 9 штаммов энтерококков, 4 штамма сальмонелл и 3 штамма E. coli. Сборка de novo бактериальных геномов осуществлена с помощью SPAdes, аннотация выполнена с помощью сервера RAST. Для поиска генов антибиотикорезистентности использовали сервис ResFinder и базы данных ARG-ANNOT, CARD и NCBI BARGD. Выявленные генетические детерминанты резистентности локализованы как на хромосоме, так и на плазмидах (aadA1, blaCTX-M-14, dfrA14, sul1, tetA/tetR, tetM, catA, ermB, APH(3’)-IIIa, ANT(6)-Ia). Данные полногеномного секвенирования и фенотипической устойчивости по всем группам микроорганизмов хорошо согласуются между собой. Резистентность к фторхинолонам обусловлена мутациями в генах ДНК-гиразы (gyrA, p.S83Y или p.D87Y) и топоизомеразы IV (parC, p.S80I), локализованных на хромосоме. Устойчивость к тетрациклинам развивается как в результате выведения из бактериальной клетки путем активного транспорта (эффлюкс, tetA/tetR, tetL), так и за счет защиты мишени действия (рибосом, tetM, tetS). Резистентность к сульфаниламидам и триметоприму обусловлена модификацией мишени действия (sul1, dfrA14).
Выводы:
Получены сведения о фенотипической и генетической устойчивости основных групп зоонозных бактерий, выделяемых от животных.