ХАРАКТЕРИСТИКА ПОПУЛЯЦИИ ВОЗБУДИТЕЛЯ БРЮШНОГО ТИФА, ВЫДЕЛЕННОГО В РФ В 2008-2018 ГГ.

Цель:

Охарактеризовать штаммы S.Typhi, выделенные в РФ, по чувствительности к антимикробным препаратам (АМП), механизмам резистентности и филогенетической структуре.

Материалы и методы:

Изучена чувствительность к АМП 299 штаммов S.Typhi диско-диффузионным методом и методом градиентной диффузии согласно Клиническим Рекомендациям «Определение чувствительности микроорганизмов к антимикробным препаратам ». Поиск плазмидоопосредованных механизмов устойчивости к хинолонам (гены qnr (S, A, B, С, D) и aac(6’)-Ib-cr) у 299 штаммов проводили методом ПЦР с электрофоретической детекцией. У 117 штаммов с помощью интернет-сервисов ResFinder и PlasmidFinder https://cge.cbs.dtu.dk провели поиск детерминант резистентности и плазмид, анализируя данные полногеномного секвенирования штаммов (MiSeq Illumina). 92 штамма S.Typhi были проанализированы с использованием программы Genotyphi https://github.com/katholt/ genotyphi для определения филогенетической структуры популяции возбудителя.

Результаты:

Чувствительными к антибиотикам были 10,4% штаммов S.Typhi, 89,6% штаммов характеризовались устойчивостью к фторхинолонам (7,3% штаммов – устойчивостью высокого уровня), 3,0% – множественной устойчивостью к ампициллину, хлорамфениколу, триметоприм/ сульфаметоксазолу, тетрациклину и фторхинолонам. Все штаммы сохраняли чувствительность к цефалоспоринам расширенного спектра, карбапенемам и азитромицину. Устойчивость низкого уровня к фторхинолонам обусловлена однонуклеотидными заменами в гене gyrA: Asp87Asn (78,7%), Ser83Tyr (5,0%) и Ser83Phe (3,2%); у одного штамма выявлена плазмидоопосредованная устойчивость (ген qnrS1). Устойчивость высокого уровня к фторхинолонам обусловлена сочетанием трех однонуклеотидных замен: в генах gyrA (Asp87Asn+Ser83Phe) и parC (Ser80Ile). У штаммов с множественной устойчивостью выявлены плазмиды pHCM1 группы несовместимости IncHI1B(R27), которые включали гены blaTEM-1, catA1, dfrA7 и tetB, и однонуклеотидные замены Ser83Tyr и Asp87Asn в гене gyrA. Более 80,0% российских штаммов относились к азиатскому генотипу, «субкладе 4.3.1» (Wong et al., 2016), большинство штаммов этой генетической группы характеризовались идентичными фенотипом и механизмом резистентности: устойчивость низкого уровня к фторхинолонам (gyrA Asp87Asn).

Выводы:

В РФ заболевания брюшным тифом возникают в результате «завоза» резистентного возбудителя туристами или трудовыми мигрантами из азиатских стран, неблагополучных по брюшному тифу.