ГЕНОТИПЫ И СПЕКТР РЕЗИСТЕНТНОСТИ К АНТИМИКРОБНЫМ ПРЕПАРАТАМ НЕВАКЦИННЫХ СЕРОТИПОВ STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE C МНОЖЕСТВЕННОЙ ЛЕКАРСТВЕННОЙ УСТОЙЧИВОСТЬЮ, ВЫДЕЛЕННЫХ В РОССИИ В 2010-2017 ГГ

Цель:

Определить генотипы и профиль резистентности к широкому спектру антимикробных препаратов (АМП) у пневмококков, обладающих серотипами, не входящими в состав 13-валентной пневмококковой конъюгированной вакцины (не-ПКВ-МЛУ), в сочетании с множественной лекарственной устойчивостью (МЛУ; устойчивость к ≥3 классам АМП) с целью мониторинга распространения новых невакцинных клонов.

Материалы и методы:

Не-ПКВ-МЛУ пневмококки были отобраны из коллекции носоглоточных изолятов, полученных в пяти городах России в 2010-2017 гг. Чувствительность к десяти группам АМП исследовали методом серийных разведений с использованием планшетов Sensititrе (Thermo Fisher), результаты интерпретировали согласно рекомендациям EUCAST-2018. Серотипирование и генотипирование проводили с использованием сывороток Serum Statens Institute (Дания) и мультилокусного сиквенс-типирования (МЛСТ) соответственно. Полногеномное секвенирование (WGS) выполнили на платформе Illumina Hiseq 2500.

Результаты:

Из 2174 собранных изолятов пневмококка 503 (23,2%) обладали МЛУ-фенотипом, из которых 46 (9,1%) изолятов относились к числу не-ПКВ-МЛУ пневмококков. Эти изоляты были представлены 17 различными серотипами (С); С11A, С13, С23A и С28F составили 57%. Сочетание нечувствительности к PEN/ERY/CLI/TET+/-SXT являлась наиболее распространенным фенотипом. Единичные изоляты были нечувствительны к LEV/MXF, RIF, LZD; единственным АМП, к которому сохраняли чувствительность все МЛУ-пневмококки, был VAN. МЛСТ выявило 20 различных сиквенс-типов (ST); ST338, ST546 и ST2754 составили 40% среди не-ПКВ-МЛУ пневмококков. По данным PubMLST, ни один из обнаруженных сиквенс-типов или одно/двухлокусных МЛСТ-вариантов пневмококка, не был ассоциирован с глобальными клонами вакцинных серотипов, за исключением ST3772/С15A – двухлокусного варианта ST276/С19A. Результаты WGS продемонстрировали высокую степень идентичности геномов МЛУ-клонов ST3772/С15А и ST276/С19А, что свидетельствовало о переключении серотипа С19А на С15А у ST3772/С15А изолята.

Выводы:

Основная масса МЛУ-пневмококков имела ПКВ-13 серотип. Наиболее частым резистентным фенотипом было сочетание устойчивости к PEN/ERY/CLI/ TET. В то же время, среди не-ПКВ-МЛУ пневмококков присутствуют свитч-варианты с генотипом глобальных успешных клонов, что требует проведения молекулярного мониторинга циркулирующей популяции пневмококков.