ХАРАКТЕРИСТИКА И ГЕНОТИПИРОВАНИЕ АНТИБИОТИКОРЕЗИСТЕНТНЫХ КЛИНИЧЕСКИХ ШТАММОВ KLEBSIELLA PNEUMONIAE, ИДЕНТИФИКАЦИЯ НОВОГО СИКВЕНС-ТИПА ST3492

Цель:

Генотипическая и фенотипическая характеристика изолятов K. pneumoniae, описание нового сиквенс-типа ST3492.

Материалы и методы:

Бактерии идентифицировали на приборе MALDI-TOF Biotyper (Bruker, Германия); чувствительность к 21 антибактериальному препарату (АП) 9 функциональных групп (пенициллины, цефалоспорины, карбапенемы, аминогликозиды, фторхинолоны, сульфаниламиды, тетрациклины, фениколы и нитрофураны) – на приборе Vitek-2 Compact (bioMerieux, США). Гены blaCTX-M, blaTEM, blaSHV, blaOXA, blaVIM, blaKPC, blaNDM, int1, int2, rmpA, aer, kfu, uge, wabG, fimH, allS и K-типы детектировали методом ПЦР. Сиквенс-типы определяли по протоколу базы данных bigsdb.pasteur.fr.

Результаты:

Большинство резистентных к АП изолятов K. pneumoniae (30 из 43) отнесены к экстремально резистентным, XDR (German, 2018), а 5 изолятов – к множественно резистентным, MDR (Magiorakos, 2012). В изолятах определены гены бета-лактамаз blaSHV (43), blaCTX-M (32), blaTEM (22), blaOXA-48; (22), blaNDM-1 (1) и интегроны класса 1 (11). Большинство изолятов (26) несли ≥3 генов бета-лактамаз. Показано, что 4, 5, 6 и 7 генов вирулентности присутствовали в 25, 4, 9, 3 и 1 изолятах соответственно. При этом 10 изолятов несли ген rmpA, ассоциированный с гипермукоидным фенотипом, у 6 из этих изолятов выявлен ген aer, кодирующий аэробактин. Ген сидерофора kfu детектирован в 6 изолятах. Идентифицированы 9 известных сиквенс-типов клебсиелл: ST14, ST23, ST86, ST147, ST219, ST268, ST307, ST395 и ST2674, а также новый ST3492, зарегистрированный в базе данных bigsdb. pasteur.fr (ID7960, ID8198). Аллельный профиль ST3492 (gapA2, infB3, mdh4, pgi1, phoE9, rpoB4, ton12) отличается от ST23 одним аллелем infB. Новый сиквенс-тип определен у двух клинических изолятов, выделенных из ликвора и эндотрахеального аспирата. Эти изоляты были чувствительны к большинству АП, но устойчивы к ампициллину/сульбактаму, хлорамфениколу и нитрофурантоину. Примечательно, что для этих изолятов определена принадлежность к капсульному типу K57, характерному для гипервирулентных клебсиелл.

Выводы:

XDR изоляты превалируют среди изученных K. pneumoniae. Характерной чертой коллекции является генетическое разнообразие изолятов: выявлено 10 сиквенс-типов, в том числе ранее не описанный ST3492. Полученные данные характеризуют процесс распространения антибиотикорезистентности среди клинических патогенов в ОРИТ и представляют особый интерес для клинических эпидемиологов.

Работа выполнена при поддержке Российского научного фонда (грант № 15-15-00058-П).